در پی ارتحال آیت‌الله ملکوتی، رهبر معظم انقلاب اسلامی با صدور پیام تسلیت، فقدان این عالم جلیل‌القدر را به خاندان و شاگردان و ارادتمندان ایشان و همچنین به عموم مردم آذربایجان تسلیت گفتند. متن پیام رهبر معظم انقلاب اسلامی به شرح زیر است: بسم الله الرحمن الرحیم رحلت عالم جلیل مرحوم آیةالله آقای حاج شیخ مسلم ملکوتی رضوان‌الله علیه را که از علمای مبرّز حوزه‌های علمیه بوده و مفتخر به سوابق طولانی مجاهدات و خدمات به انقلاب و نظام جمهوری اسلامی می‌باشند، به خاندان مکرم و معزّز و شاگردان و ارادتمندان ایشان و به عموم مردم عزیز آذربایجان و نیز به مراجع عظام و علمای اعلام حوزه‌ علمیه‌ قم تسلیت عرض می‌کنم. حضور همیشگی این عالم مجاهد در فعالیت‌های سیاسی جامعه‌ مدرسین قم در دوران اختناق و سپس خدمات ایشان در سنگر امامت جمعه‌ تبریز قهرمان و همراهی و همگامی با رزمندگان دفاع مقدس، سوابق ثبت شده‌ای است که از حافظه‌ تاریخ انقلاب و از دیوان کرام‌الکاتبین محو نخواهد شد؛ ان‌شاءالله. از خداوند متعال رحمت و مغفرت و علو درجات ایشان را مسألت می‌کنم. سیدعلی خامنه‌ای 4 اردیبهشت منبع: فارس