رئیس دانشگاه یزد در مصاحبه با خبرنگار یزد رسا انتشار شایعه ی استعفای خود در برخی از رسانه های یزد را تکذیب کرد و در خصوص دلیل حضور نمایندگان وزارت علوم در دانشگاه های کشور اظهار داشت: هرساله نمایندگان از وزارت علوم به دانشگاه ها سرکشی می کنند و به بررسی وضعیت و فعالیت های همه اقشار دانشگاهی اعم از دانشجویان؛ اساتید، کارمندان و … می پردازند و که نتیجه این بررسی ها در ارتقای دانشگاه ها مؤثر است. حضور نمایندگان وزارت علوم برای تنها برای ارتقا دانشگاه ها است سید علی محمد میبدی موضوع برکناری رؤسای برخی از دانشگاه ها همزمان با حضور نمایندگان وزارت علوم در آن دانشگاه را رد کرد و افزود: تا جایی که من خبر دارم این نمایندگان به دانشگاه های دیگری چون کاشان و اصفهان نیز سرکشی کرده اند و رؤسای آن ها هنوز به سمت خود پا برجا هستند و دلیل حضور این نمایندگان بررسی و ارزیابی مطالبی چون وضعیت دانشگاه، تعداد اعضای هیئت علمی، وضعیت استخدام ها و همچنین فضاهای کاربردی دانشگاه است و دلیل دیگری ندارد. عدم هماهنگی و سوء برداشت بهانه ای برای معترضین میبدی با در خصوص تجمع دانشجویان در دانشگاه گفت:  دانشجویان برای دیدار با نمایندگان وزارت علوم به سالن فنی دو دانشگاه یزد آمده بودند که به دلیل کمبود جا قرار شد تا در سالن آمفی تئاتر این دیدار صورت بگیرد که متأسفتانه مسئول سالن آمفی تئاتر به دلیل عدم هماهنگی به نماز رفته بود و حضور نداشت تا درب سالن را باز کند که در این بین تعدادی از دانشجویان احساس کردند که درب سالن به عمد بر روی آن ها بسته شده که منجر به ناراحتی و نهایتاً سر دادن شعارهایی از سوی برخی از دانشجویان شد. علت اعتراض دانشجویان علیه من اطلاعات غلط بود/برخورد قانون عده ای را رنجانده است وی ادامه داد: تمام دانشجویانی که بر علیه من کمپین در فیس بوک راه اندازی کرده و نسبت به اقدامات من موضع گرفته اند همگی دانشجویان خوب دانشگاه هستند که متآسفانه اطلاع غلط به آن ها رسیده است. میبدی در پایان تصریح کرد: کسانی که در این بازی نقش سردسته را داشته اند با توجه به اینکه سلیقه سیاسی متفاوتی با ما دارند، به گونه ای به خاطر مشکلات آموزشی و اخلاقی مورد برخورد قانونی قرار گرفته اند و همین موضوع باعث دلگیری آن ها شده بود که در مسئله ای مانند بسته بودن درب سالن آمفی تئاتر ناراحتی خود را بروز داده اند.